В конце XIX века в роще Томского университета появился Александровский бульвар, названный в память о трех императорах, благодаря которым был создан университет: Александре I (учреждение, 1803 г.), Александре II (основание, 1878 г.), Александре III (открытие, 1888 г.). Становление университета растянулось почти на столетие.
Реформа образования, инициированная в начале XIX века при поддержке Александра I, предусматривала открытие новых университетов - помимо Казани (1804) и Харькова (1805) - в Киеве, Тобольске и Устюге Великом. Общество отнеслось к планам по развитию высшего образования неоднозначно. После призыва императора было сделано довольно много пожертвований: харьковское дворянство собрало на свой университет около 400 тысяч рублей; Демидовы, представители древнего рода российских предпринимателей, поднявшихся при Петре I, передали более 500 тысяч рублей (в том числе и на основание сибирского университета). Восстановление же Московского университета после 1812 года проходило непросто - не в последнюю очередь из-за позиции генерал-губернатора Растопчина, считавшего университет рассадником масонства и якобинства.
К 20-м годам либеральные реформы начала XIX века, на волне которых были открыты Казанский и Харьковский университеты, сошли на нет. Планы развития сети императорских российских университетов были отложены. В Устюге Великом университет появился только после революции (и то ненадолго), в Киеве - в 1833 году, по указу уже Николая I. Причем здесь решающую роль сыграла политика: в связи с Польским восстанием 1830-1831 годов особую остроту приобрела борьба с западным влиянием на Украине.
Идея об открытии университета в Сибири всплывала периодически. В 1823 году Михаил Сперанский подал (совместно с попечителем Казанского учебного округа) соответствующую записку в Сибирский комитет. Комитет согласился с тем, что высшее образование для Сибири полезно, но на этом все заглохло. В конце 1850-х годов вопрос об университете был поднят в Министерстве народного просвещения, однако до дела вновь не дошло.
Интересно, что если в начале XIX открытие университетов было инициативой властей и отдельных сановников (при ограниченной поддержке местной интеллигенции), то конце века ситуация меняется: теперь уже общественность пробивает идею открытия Сибирского университета. В 1875 году вопрос, наконец, дошел до Александра II, постановившего: "...дать возможность сибирским уроженцам подготовить из сферы своей людей сведущих и образованных, в числе, по меньшей мере, достаточном для удовлетворения нужд местного населения..." и представить Министерству народного просвещения " ... соображения об учреждении общего для всей Сибири университета".
Предстояло выбрать город для основания университета. Тобольск, упоминавшийся в распоряжениях Александра I, к концу XIX века перестал быть главным городом восточной части империи: его административные функции перешли к Омску; промышленный рост второй половины века Тобольска не коснулся. С развитием железных дорог терял значение проходящий через город Сибирский тракт. В список городов, претендующих на размещение университета, вошли Красноярск, Иркутск, Томск и Омск. Вскоре стало ясно, что борьба развернется между двумя последними. Омск был административным центром Западной Сибири и имел значительный ресурс в лице генерал-губернатора Н.Г. Казнакова. Выдвигался еще и такой аргумент: в Томске много ссыльных, и есть опасность, что университет подпадет под их влияние.
Комиссия, созданная для изучения вопроса, в 1876 году все же выбрала Томск, а генерал-губернатору пришлось удовлетвориться открытием в 1877 г. в Омске Западно-Сибирского отдела Русского Императорского географического общества. Считается, что на решение комиссии повлияла активная позиция общественности и денежный перевес Томска: только З. М. Цибульский, богатейший городской предприниматель, пожертвовал 140000 рублей. В борьбе за университет сибиряки не щадили друг друга. Например, местный публицист Николай Ядринцев писал, что в Томске "не университет пойдет за обществом, а общество за университетом. В Омске науку будут терпеть, в Томске лелеять".
Итак, в 1878 году Александр II распорядился об "учреждении Императорского Сибирского университета в г. Томске с четырьмя факультетами: историко-филологическим, физико-математическим, юридическим и медицинским". В сентябре 1880 года состоялась церемония закладки главного здания Томского университета (ТГУ), на которую собрались тысячи горожан (население города в то время было менее 30 тысяч). Вечером в Университетской роще, где еще недавно с ружьями охотились на белок, состоялось народное гуляние. В строительстве университета принимала участие вся Россия: кирпичи клали нижегородские каменщики, штукатурили артельщики Тобольской губернии, дубовый паркет изготовили в Казани, перила для парадной лестницы - на Гурьевском чугуноплавильном заводе в Сибири. Строительство главного корпуса было закончено в 1884 году.
В ректоры университета прочили Дмитрия Менделеева. По заданию Министерства просвещения он принимал участие в работе над проектом. По предложению Менделеева, на первом этаже предполагалось разместить химические лаборатории, музеи, а также кабинеты физико-математического факультета, на втором - медицинские кафедры. Примерные планы внутреннего расположения зданий были переданы архитектору А.К. Бруни для составления окончательного проекта.
Однако этим планам не суждено было сбыться в полной мере. 13 марта 1881 года император погибает в результате покушения, организованного "Народной волей". В записке, поданной вскоре графом Н. П. Игнатьевым министру внутренних дел, говорилось, что большинство государственных преступников и цареубийц обучалось в университетах или в других высших учебных заведениях. Дискуссия о роли образования, и так не затихавшая, снова обострилась, а судьба томского университета снова повисла на волоске: в 1885 году при рассмотрении вопроса в Государственном совете было высказано сомнение в своевременности его открытия. В результате Александр III решил открыть первый сибирский университет в 1888/1889 учебном году в составе одного медицинского факультета. Вместо физико-математического факультета (в планировании устройства которого и принимал участие Менделеев) было решено создать отдельный вуз - Томский политехнический институт (1896), основной задачей которого стала подготовка кадров для строительства и эксплуатации Сибирской железной дороги. Знаменитый химик переключился на работу по организации политеха, и вопрос о назначении его ректором ТГУ потерял актуальность.
К началу 1888/1889 учебного года были готовы главный корпус университета, общежитие, анатомический корпус и ряд других построек. Библиотека, основанная в значительной мере на собраниях графа А.Г. Строганова, князя С.М. Голицына и поэта В.А. Жуковского, насчитывала около 100 тысяч томов. Также в ее формировании очень помогли профессора Военно-медицинской академии. Основу преподавательского корпуса составили профессора Казанского, Харьковского, Дерптского, Петербургского и Киевского университетов (но много было и молодых преподавателей).
На первый курс были зачислены 72 студента, большинство - выпускники гимназий и духовных семинарий. Первый выпуск - 34 человека, из которых 31 был удостоен звания лекаря и лекаря с отличием. Большая часть выпускников оставалась работать в Сибири, что сразу привело улучшению медицинского обслуживания жителей города и всего региона. За период с 1893 по 1913 годы в клиниках университетах зарегистрировано около 160 тысяч посещений. Преподаватели и студенты принимали активное участие в борьбе с эпидемиями холеры в (1892, 1907 годы), чумы в (1910-1911 годы), сыпного тифа (1917-1921 годы), оказывали помощь раненым во время Русско-японской и Первой мировой войн. Профессора университета вели большую общественную работу, читали публичные лекции. В 1889 году создается "Общество естествоиспытателей и врачей", на заседаниях которого выступали как преподаватели университета, так и приглашенные медики. Профессор М.Г. Курлов, председатель местного отделения Красного Креста, организовал подготовку сестер милосердия. Также он возглавлял Томское отделение Всероссийской лиги борьбы с туберкулезом, организовал детские ясли в Томске.
С открытием в 1898 году юридического факультета Томский университет перестал, наконец, быть высшей медицинской школой; уже в 1902 году ТГУ занимает третье место в Росси по числу профессоров на юридическом факультете. В полной мере ТГУ стал университетом в 1917 году, когда были образованы историко-филологический и физико-математический факультеты (что соответствовало уставу 1888 года).
В тридцатые годы XX века на базе лечебно-профилактического и санитарно-профилактического факультетов ТГУ был образован Томский государственный медицинский институт.
Сейчас Томский университет - один 39 национальных исследовательских университетов, на 22-х его факультетах обучается более 12 тысяч студентов. В 2007 году в ТГУ был установлен Скиф Cyberia — суперкомпьютер, до 2009 года считавшийся самым мощным в странах СНГ и Восточной Европы, к вычислительным средствам которого могут получить доступ исследователи из любой точки России. И хотя рядом (шесть часов на поезде, по сибирским масштабам ничто) такой мощный конкурент, как Новосибирский Академгородок, ТГУ - один из лидирующих университетов не только Сибири, но и России.