Библиотека древнееврейских книг и рукописей была основана в начале XX века главой общины любавичских хасидов раввином Иосифом Ицхаком Шнеерсоном на основе коллекции, собиравшейся с XVIII века. Хасиды считают библиотеку религиозной святыней: в ней собраны рукописи и книги о хасидизме с момента появления этого течения, центром которого были Любавичи. Библиотека насчитывает 12 тыс. книг и 381 рукопись. Во время Первой мировой войны Шнеерсон перевез часть библиотеки из Любавичей в Москву и сдал на хранение на книжный склад Персица--Полякова. В 1918 году коллекция была национализирована по декрету о научных фондах РСФСР и передана в Румянцевскую библиотеку, на основе которой была образована Государственная библиотека им. В. И. Ленина.
В 1930-х годах Ицхак Шнеерсон эмигрировал в США, где в 1950 году умер, не оставив никаких распоряжений насчет библиотеки. В начале 1990-х его зять Менахем Шнеерсон при поддержке многих других хасидов потребовал вернуть коллекцию, которая до национализации была личной собственностью его тестя. 8 октября 1991 года Госарбитраж РСФСР обязал Библиотеку имени Ленина вернуть коллекцию хасидам. Библиотека это решение не выполнила, заявив, что ее архивы — национальное достояние советского народа. 18 ноября того же года Высший арбитражный суд РСФСР вторично постановил немедленно начать передачу коллекции в фонды специально для этого создаваемой Еврейской национальной библиотеки. Но библиотека вновь ничего не выдала. Тогдашний заведующий отделом рукописей Виктор Дерягин грозился сжечь себя вместе с коллекцией, а затем спрятал ее в стенах библиотеки. А 14 февраля 1992 года пленум Высшего арбитражного суда отменил предыдущие решения — коллекция осталась за библиотекой.
В 1995 году при проверке выяснилось, что некоторые рукописи пропали. Предполагалось, что это манускрипты, спрятанные Дерягиным, который к этому моменту уже умер. В конце 1996 года, по данным СМИ, рукописи были обнаружены на черном рынке в Израиле. В 2005 году иудейское религиозное движение "Хабад" написало официальное письмо президенту Владимиру Путину с просьбой содействовать возвращению собрания Шнеерсона. Официально об ответе не сообщалось.