На посту главы ГУВД Москвы Владимир Пронин провел структурную реформу ведомства: в районных ОВД были созданы отделы по борьбе с оборотом наркотиков, МУР разделен на четыре оперативно-розыскных части, создана служба по экономическим и налоговым преступлениям. Господин Пронин также запомнился инициативами по ограничению права милиционеров на проверку документов и упоминанию национальности преступников в служебных сводках.
10 июня 2002 года, на следующий день после погромов, устроенных футбольными фанатами в центре Москвы, Владимир Пронин подал рапорт об отставке, но глава МВД Борис Грызлов отклонил его. Руководителю ГУВД удалось сохранить свой пост и после других громких преступлений: захвата заложников на мюзикле "Норд-Ост", терактов на рок-фестивале в Тушино, на Замоскворецкой линии метро и других.
19 сентября 2004 года от побоев на допросе в отделении милиции умер Александр Пуманэ, подозревавшийся в подготовке теракта. Господин Пронин пытался снять ответственность со своих подчиненных, заявив: "Наиболее серьезную ошибку допустил прокурор Пресненского района Москвы, который должен был приехать и осуществлять непосредственно на месте прокурорский надзор".
29 сентября 2004 года генерал Пронин сделал сенсационное заявление о раскрытии убийства редактора русского Forbes Пола Хлебникова. После того как Генпрокуратура сообщила о "недопустимости" разглашения данных о следствии, пресс-служба ГУВД аннулировала сообщение своего начальника.
В апреле 2006 года стало известно о конфликте Владимира Пронина с начальником УВД Западного округа Игорем Терещенко, который обвинил руководство ГУВД в коррупции. В результате глава МВД Рашид Нургалиев подписал приказ о переподчинении всех ОВД округа напрямую ГУВД.
Также стоит отметить, что, по данным Госкомстата, в 2001-2008 годах число зарегистрированных в Москве преступлений возросло на 68,25% — с 126 тыс. до 212 тыс.