12 сентября 1994 года в районе острова Шикотан российский сторожевой корабль и вертолет после девятичасового преследования обстреляли китайскую шхуну. Было произведено 402 выстрела, в результате погибли два рыбака.
В октябре 1994 года пограничники потопили японскую шхуну "Икорай-мару", занимавшуюся незаконным ловом недалеко от острова Анучин Курильской гряды.
В марте 1997 года в акватории Батуми российские пограничники, охранявшие территориальные воды Грузии, обстреляли четыре турецких сейнера. Был убит один рыбак. Турецкая сторона признала факт нарушения границы, но грузинские власти обвинили РФ в провокации и возбудили против пограничников уголовное дело. О его итогах не сообщалось.
25 мая 1998 года у Северных Курил сторожевой корабль "Дзержинский" открыл огонь по пытавшемуся скрыться китайскому браконьерскому судну "Зонг Ксин-37". В результате прямого попадания в рубку погибли два человека.
22 февраля 2001 года у Курил патрульным самолетом Ан-72 потоплено судно "Альбатрос-101", отказавшееся остановиться. Весь экипаж, находившийся, по данным пограничников, в нетрезвом состоянии, был спасен. В суде факт браконьерства доказан не был.
12 марта 2005 года у западного побережья Камчатки Ан-72 обстрелял траулер "Дубно", отказавшийся от досмотра. Два рыбака были ранены, один из них, гражданин Украины, умер в больнице. Командование признало действия пограничников правомерными, но на Украине против них было возбуждено уголовное дело (о результатах расследования не сообщалось).
16 августа 2006 года в Охотском море сторожевой корабль обстрелял японское судно "Кесин-мару-31". Смертельное ранение получил один из рыбаков. Глава МИД Японии Таро Асо выразил протест послу РФ, в ответ российские власти возложили ответственность за инцидент на японские власти, "попустительствующие незаконному промыслу".