В октябре 2000 года возбуждено дело против главы Курской области Александра Руцкого в связи с незаконной приватизацией служебной квартиры. 22 октября он снят с выборов. Через два года суд признал приватизацию законной.
В октябре 2000 года возбуждено дело против смоленского губернатора Александра Прохорова (хищения и незаконное финансирование дорожного строительства). В мае 2002 года он проиграл выборы. 22 сентября 2004 года приговорен к трем годам и амнистирован.
В январе 2002 года главу Ненецкого АО Владимира Бутова обвинили в злоупотреблении служебным положением, 10 апреля 2002 года — в неисполнении решения суда. В декабре оба дела закрыты по «реабилитирующим обстоятельствам». 22 августа 2003 года против него возбудили дело за избиение инспектора ГАИ. В декабре 2004 года он приговорен к трем годам условно.
25 апреля 2002 года возбуждено дело против губернатора Курской области Александра Михайлова (растрата и мошенничество при покупке жилья). 27 января 2003 года дело закрыли за отсутствием состава преступления.
30 сентября 2003 года тверского губернатора Владимира Платова обвинили в превышении полномочий и нанесении бюджету ущерба в 463 млн руб. 7 декабря он проиграл выборы. 11 ноября 2005 года приговорен к пяти годам тюрьмы. 27 апреля 2006 года Мосгорсуд снизил наказание до трех лет условно.
27 октября 2003 года против губернатора Камчатки Михаила Машковцева заведено дело по обвинению в халатности, а 17 марта 2004 года — по обвинению в превышении полномочий. 19 декабря он переизбран губернатором. 10 июня 2005 года прокуратура прекратила дело «ввиду раскаяния».
17 мая 2004 года прокуратура Саратовской области предъявила губернатору Дмитрию Аяцкову обвинения в злоупотреблении положением и превышении полномочий. 7 июля обвинения были сняты.
1 июня 2004 года возбуждено дело по фактам нецелевого использования средств ярославским губернатором Анатолием Лисицыным. 20 августа ему предъявлено обвинение в превышении полномочий. 4 апреля 2005 года дела прекращены в связи с истечением срока давности.
28 декабря 2004 года самарская прокуратура возбудила уголовное дело против губернатора Константина Титова (злоупотребление служебным положением). 24 февраля 2005 года господина Титова переквалифицировали в свидетеля.
В декабре 2005 года возбуждено дело по подозрению в получении взятки против губернатора Ивановской области Владимира Тихонова. В августе 2006 года к обвинению добавилось «незаконное хранение боеприпасов». 4 сентября 2006 года дело прекратили за отсутствием состава преступления.
19 мая 2006 года Генпрокуратура возбудила в отношении главы Ненецкого АО Алексея Баринова дело по фактам «мошенничества в крупном размере» и «хищения или растраты вверенного имущества». Эти преступления, по утверждению прокуратуры, господин Баринов совершил в конце 1990-х годов, возглавляя ОАО «Архангельскгеолдобыча», ущерб оценивался в 30 млн руб. 21 июля он был отстранен от должности и 6 сентября 2007 года осужден по одному из эпизодов дела на три года условно.
В апреле 2007 года Генпрокуратура завела на губернатора Амурской области Леонида Короткова дело о превышении должностных полномочий. 10 мая президент РФ отправил его в отставку «в связи с утратой доверия». 27 декабря 2010 года суд вынес экс-губернатору оправдательный приговор.
В ноябре 2008 года следственный комитет при прокуратуре Иркутской области возбудил уголовное дело в отношении экс-губернатора Александра Тишанина, обвинив его в злоупотреблении служебным положением. В апреле 2011 года Тишанин стал депутатом Госдумы, о закрытии дела не сообщалось.
В августе 2011 года Следственный комитет РФ возбудил дело против ушедшего в отставку главы Тульской области Вячеслава Дудки. Он подозревался в получении взятки в 40 млн рублей за выделение ЗАО «Корпорация ГРИНН» земельного участка под строительство гипермаркета. 22 июля 2013 года суд приговорил его к 9,5 года колонии строгого режима.