Как говорится в распространенном 23 октября заявлении министра путей сообщения РФ, Николай Аксененко намерен содействовать объективному расследованию и уверен, что вскоре будет установлена беспочвенность выдвинутых против него обвинений.
В своем заявлении министр также отмечает, что готов "всячески содействовать объективному расследованию, установлению истины". Он пообещал, что коллегия МПС продолжит линию на сохранение целостности отрасли, проведение структурной реформы, получившей одобрение правительства РФ и президиума Госсовета РФ.Аксененко выразил надежду, что «ответственные лица будут руководствоваться законом, здравым смыслом и общепринятой этикой, не позволяющей делать преждевременных выводов».
22 октября Генпрокуратура России сообщила, что в деятельности Аксененко выявлены нарушения ведения финансово-хозяйственной деятельности, позволившие возбудить уголовное дело. Ему предъявлено обвинение в превышении должностных полномочий, повлекшем причинение ущерба государству на сумму более 70 млн руб. Уголовное дело по фактам злоупотреблений в министерстве путей сообщения возбуждено 9 октября 2001 г.