22 октября в Генеральной прокуратуре России подтвердили факт возбуждения уголовного дела в связи с злоупотреблениями в министерстве путей сообщения РФ. Дело было возбуждено 9 октября 2001 г. Представитель Генпрокуратуры также сообщил, что по делу уже выполнен ряд следственных действий, в ходе которых были допрошены шесть заместителей министра.
19 октября в Генпрокуратуру РФ был вызван министр путей сообщения России Николай Аксененко, где ему было предъявлено обвинение в превышении должностных полномочий по статье 286 Уголовного кодекса РФ, повлекшем причинение ущерба государству на сумму более 70 млн. рублей.Руководитель МПС РФ, как отметили в Генпрокуратуре, отказался подписывать постановление о предъявлении обвинения. Кроме того, господин Аксененко отказался подписывать оформленную в соответствии с законом подписку о невыезде. Комментируя произошедшее представитель Генпрокуратуры заявил, что "отказ Аксененко подписывать постановление о предъявлении ему обвинений и подписки о невыезде не меняет его статуса обвиняемого" по упомянутому уголовному делу.