13 января 1991 года Борис Ельцин, председатель Верховного совета РСФСР, и председатель Верховного совета Латвии Анатолий Горбунов в Таллине подписали договор об основах межгосударственных отношений РСФСР и Латвии. Согласно документу, Россия давала гарантии признать независимость Латвии. Через две недели российский лидер резко осудил предпринятый рижским ОМОНом 20 января штурм здания МВД Латвии и обратился к сотрудникам силовых структур с призывом не допустить кровопролития и не срывать демократические преобразования. 24 августа 1991 года Борис Ельцин подписал Акт о признании Россией государственной независимости Латвии.
30 апреля 1994 года президенты России и Латвии Борис Ельцин и Гунтис Ульманис подписали договор о выводе из Латвии российских войск. На церемонии подписания господин Ельцин признал, что в Латвии были советские репрессии и что некоторые латыши были насильно переселены в Сибирь. Вывод войск завершен 31 августа 1994 года.
27 мая 1997 года в Париже Борис Ельцин подписал Основополагающий акт Россия--НАТО, в ходе переговоров по которому Москва согласилась на расширение альянса. Несмотря на заверения российского руководства, что эта позиция неприменима к странам Балтии, Латвия была приглашена в НАТО в ноябре 2002 года и вступила в блок в марте 2004 года. Американская пресса, в частности Washington Post, писала, что Борис Ельцин согласился подписать Основополагающий акт в обмен на обещание Билла Клинтона помочь Москве в получении нового кредита МВФ и переименование "большой семерки" в "большую восьмерку".
В августе 1999 года Борис Ельцин наложил вето на законопроект об экономических санкциях в отношении Латвии. Закон был принят госдумой в мае в ответ на нарушения прав русскоязычного населения этой страны. Он предусматривал запрет на любые экспортно-импортные сделки с Латвией, в том числе поставки энергоносителей.