23 июня 2005 года замгенпрокурора России Николай Шепель назвал республиканскую парламентскую комиссию по расследованию обстоятельств теракта в Беслане "незаконной". По его мнению, парламент республики не имеет полномочий проводить расследование. Позицию самого Станислава Кесаева, который, несмотря на многочисленные просьбы прокуратуры, отказывался раскрыть свои источники информации о событиях в Беслане, он назвал "бессовестной и негражданской".
30 июня перед выборами нового спикера парламента Северной Осетии господин Кесаев, считавшийся одним из главных претендентов на этот пост, взял самоотвод. По данным СМИ, он мог это сделать под давлением со стороны представителей федерального центра, недовольных его критикой в адрес официального следствия по теракту в Беслане.
7 сентября замгенпрокурора России Владимир Колесников обвинил Станислава Кесаева в желании "на крови и на нашей боли заработать себе политический капитал". Причиной послужил очередной отказ вице-спикера предоставить информацию прокуратуре. Николай Шепель в тот же день поддержал коллегу, назвав позицию Станислава Кесаева "совершенно негодной".
12 сентября господин Кесаев все же дал показания комиссии Генпрокуратуры. Однако при этом источники своей информации господин Кесаев не назвал, подчеркнув, что пошел в прокуратуру лишь как свидетель.
25 сентября парламент Северной Осетии объявил, что обнародование выводов комиссии переносится с 29 сентября на неопределенный срок. "Нас очень заинтересовали собранные Генпрокуратурой материалы",— пояснил решение продлить работу комиссии Станислав Кесаев. По мнению СМИ, перенос доклада мог быть связан с давлением на комиссию со стороны прокуратуры.
30 сентября во Владикавказе Владимир Колесников объявил комиссию Станислава Кесаева неправомочной: "Уже в феврале 2005 года в связи с отсутствием фактически пятерых из девяти ее членов заседания комиссии были неправомочными" (пять членов комиссии покинули ее и перешли на административные должности). Также, по данным замгенпрокурора, члены комиссии не вели протоколы допросов, а сбор показаний был формальным.