Март 1998 года. По настоянию Госкомэкологии (предшественник Министерства природных ресурсов; МПР) приостановлено бурение на месторождении Чайво (проект "Сахалин-1", основной оператор — Exxon). От инвесторов потребовали вывозить на берег буровой раствор, что вело к дополнительным затратам. В 2000 году был найден компромисс: Exxon предложила закачивать раствор в пласты, и бурение было возобновлено.
Август 2001 года. МПР запретило Exxon Mobil дальнейшее проведение сейсморазведочных работ в рамках проекта "Сахалин-1" в районе нефтяного месторождения Одопту. Официальной причиной стала угроза жизни уникальной популяции серых китов. После выполнения предписаний МПР, ужесточавших экологические требования, работы были продолжены.
Сентябрь 2003 года. МПР пригрозило отзывом лицензии на разработку Салымского нефтяного месторождения (Тюменская область) компании Salym Petroleum Development (SPD; половина акций принадлежит Royal Dutch/Shell). По данным МПР, SPD, получив лицензию в 1993 году, не приступила к разработке, ожидая заключения с правительством соглашения о разделе продукции. SPD пообещала начать добычу нефти в четвертом квартале 2005 года и сохранила лицензию.
Октябрь 2003 года. МПР объявило о новых нарушениях в проекте "Сахалин-1". Exxon Mobil обвинили в ограничении допуска инспекторов министерства на объекты и затягивании сроков реализации программы геологоразведочного изучения. Однако дальше обвинений дело не пошло и никакие санкции к инвесторам не применялись.
Январь 2004 года. МПР начало проверку всех магазинов IKEA. Чиновники ведомства выяснили, что компания сперва открыла свой магазин под Петербургом, а уже потом, задним числом, провела его экологическую экспертизу. Спустя пять месяцев управление Росприроднадзора по Свердловской области предписало приостановить строительство в Екатеринбурге торгового центра IKEA, не имевшего заключения экологической экспертизы. В июне после переговоров сторон работы были продолжены.
Август 2005 года. МПР объявило о скором начале проверки всех высотных зданий Москвы. Поводом стало обращение ряда научных институтов, которые на основании собственных исследований утверждали, что 70-80% высоток расположены в сейсмически опасных зонах. Среди опасных объектов названы высотки, возводимые иностранными компаниями в рамках проекта "Москва-Сити". Турецкая компания Enka (крупнейший инвестор "Сити") заявила, что проект имеет все разрешительные документы и компания не будет менять его план.