1993-1994 — замминистра экономики Украины. 1994-1997 — председатель Фонда госимущества. В 1997 — министр экономики Украины. 1997-1998 — председатель Госкомитета по развитию предпринимательства Украины.
С 1998 — депутат парламента Украины, зампредседателя комитета по экономической политике. Член фракции Народно-демократической партии.
В 1999 году — первый вице-премьер Украины. С 2001 — первый зампредседателя администрации президента.
С апреля 2002 — народный депутат от блока Виктора Ющенко "Наша Украина". С июня 2002 — председатель комитета по вопросам промышленной политики и предпринимательства. В апреле 2005 года назначен председателем Днепропетровской областной городской администрации — после знаменитых событий местной "весенней революции", результатом которой стало смещение губернатора Сергея Касьянова, которого называли человеком Владимира Литвина. При губернаторе Еханурове были сменены 22 главы райгосадминистраций, более половины начальников управлений. Но среди начальников управлений облгосадминистрации сохраняются вакантные места, а некоторые сторонники старой власти не только остались на своих местах, но и пошли на повышение. Например, заместителем начальника аппарата Днепропетровской облгосадминистрации стал один из активистов избирательных кампаний господ Кучмы и Януковича Геннадий Константинов.