29 октября 1994 года прошел учредительный съезд УНА как политической партии, и, несмотря на активное участие членов общественной организации УНА-УНСО в чеченском конфликте, Минюст уже в декабре 1994 года выдал свидетельство о госрегистрации политической партии УНА. Однако уже 6 сентября 1995 года Минюст снова отменил свое решение. В 1996 году УНА провела второй учредительный съезд, на котором отказалась от военизированных формирований, переименовав аббревиатуру УНСО из "Украинской национальной самообороны" в "Украинскую народную солидарную организацию". Несмотря на это, Министерство юстиции в третий раз отказало УНА в регистрации. Однако уже в 1997 году УНА в третий раз получила свидетельство о регистрации.
Очередной кризис УНА наступил после того, как партию назвали главным организатором столкновений с милицией 9 марта 2000 года возле администрации президента Украины. 26 декабря 2002 года 18 активистов УНА были осуждены на срок от двух до пяти лет тюремного заключения. 18 ноября 2001 года новым председателем партии был избран Николай Карпьюк. После того как один из лидеров УНА Андрей Шкиль, находясь в тюрьме, был избран депутатом Верховной рады по 121 округу Львовской области, он сделал попытку вернуть себе лидерство в партии.