Национальная налоговая академия государственной службы начиналась с Торфяного техникума, созданного в 1922 году. В 1991 году руководить этим учебным заведением начал его бывший выпускник Петр Мельник. Вскоре учебное заведение переименовали в Ирпенский финансово-промышленный колледж. В 1996 году на его базе был создан Украинский финансово-экономический институт, подчиненный Министерству финансов Украины. 15 ноября 1996 года он был передан в подчинение Государственной налоговой администрации Украины. В 1999 году постановлением Кабинета министров Украины на базе Украинского финансово-экономического института была создана Академия государственной налоговой службы Украины. 21 августа 2003 года указом президента Украины Леонида Кучмы за значительный вклад коллектива академии в развитие национального образования и науки Академии ГНС Украины присвоен статус национальной.