— то, что многие прежние руководители налоговой находятся в отпусках или на больничных, а борьба за чистоту рядов "идет крайне плохо". "За первые полгода возбуждено лишь 111 уголовных дел в отношении сотрудников ГНАУ, в то время как общее количество работников налоговых органов составляет 62 тыс. человек";
— плохую работу юристов, представляющих интересы ГНАУ в судах. По словам президента, в I полугодии 2005 года ГНАУ выиграла в судах дела на сумму около 11 млрд грн, в то время как проиграла — 17 млрд грн;
— низкую эффективность налоговых органов в расследовании резонансных дел в сфере экономической преступности. "Прошло полгода. По каждой области у вас была обязанность показать по экономической преступности 5-10 дел. Я вас спрашиваю: где эти дела?" — спросил президент;
— недостаточное противодействие незаконному обороту акцизных марок. Виктор Ющенко отметил, что сегодня акцизный сбор составляет 1,9% украинского ВВП, но "скоро у нас будет ноль процентов этого налога";
— нежелание налоговой ликвидировать схемы искусственной убыточности предприятий и схемы незаконного возмещения НДС, долг по которому на 1 июля составил 3,08 млрд грн. По словам президента, необходимо провести проверку восьми тысяч дел о банкротстве, по которым приостановлена уплата 5,2 млрд грн;
— отсутствие подвижек в разработке новых норм Налогового кодекса и норм по отмене налоговых льгот, составляющих 13 млрд грн ежегодно;
— отсутствие прозрачности в работе налоговых органов. Также — за практику вымогательства досрочной уплаты налогов и поборов во время налоговых проверок;
— отсутствие взаимодействия с Государственной таможенной службой с целью внедрения единой базы данных для того, чтобы число регистрируемых автомобилей не превышало вдвое число ввозимых легально.