Первый этап активного строительства на ББС начался в 1950-х и совпал с периодом застройки новой территории Московского университета на Воробьевых горах. Тогда ресурсов на строительство биостанции МГУ почти не выделял, а планы у недавно назначенного директора Николая Перцова были амбициозными. Так на ББС появилась традиция стройотрядов — волонтеры застраивали станцию за скромный пансион.
В 1950-х и 1960-х здесь была острая нужда в стройматериалах, и в стройотрядах появилась традиция — брать с собой кирпич для постройки небольших печек. Позже на биостанции появился плашкоут — судно для перевозки машин, крупной техники и тяжелых грузов — и необходимость в волонтерской доставке стройматериалов отпала.
Позже у стройотрядов появилась традиция оставлять дощечки, на которых написаны имена всех членов. Сейчас они собраны на стене у лестницы в аквариальном корпусе. Почему-то среди завсегдатаев беломорских стройотрядов считалось крутым привезти на станцию табличку поезда, на котором они добирались,— несколько таких артефактов также украшают лестницу аквариального корпуса.