Налоговый накат на ЮКОС начался 29 декабря 2003 года, когда МНС вручило компании акт проверки за 2000 год, в котором указывалось, что ЮКОС недоплатил более 99 млрд руб. В 2004 году на компанию обрушился целый вал новых претензий налоговиков, и к настоящему времени общая сумма претензий достигла 578 млрд руб.
Тем временем 2 марта 2004 года "Сибнефть" сообщила о получении от МНС акта предварительной налоговой проверки за 2000-2001 годы, в котором содержались претензии на $1 млрд. Проверка проводилась в декабре 2003 года Межрегиональной инспекцией МНС по крупнейшим налогоплательщикам #1. 4 марта МНС добавило к претензиям еще $420 млн: акт проверки был направлен основному добывающему предприятию — компании "Сибнефть-Ноябрьскнефтегаз". Не согласившись с расчетами налоговиков, "Сибнефть" добилась назначения дополнительной проверки. 17 ноября СМИ сообщили, что компании предъявлены претензии за 2000-2001 годы на 21 млрд руб. (около $750 млн). По данным Ъ, именно на этой сумме в конце концов сошлись "Сибнефть" и МНС. О погашении задолженностей не сообщалось.
В июне 2004 года в центре налогового скандала оказалась компания "Славнефть". Главное следственное управление при ГУВД Москвы возбудило дело против гендиректора независимой рекламно-продюсерской студии "Новый век" Вячеслава Кусакина. Бизнесмен обвинялся в том, что получал от инвесторов на финансирование фильмов деньги, которые не облагались налогом на прибыль; картины не снимались, а деньги уходили "фирмам-однодневкам". "Славнефть", по данным следствия, являлась основным спонсором студии и только за 2001 год перечислила на съемки трех фильмов 722 млн руб., сэкономив на налогах около 250 млн руб. О ходе расследования не сообщалось.
6 сентября 2004 года Счетная палата объявила, что в ходе проверки ТНК-BP в июне--августе 2004 года выявлена новая схема минимизации налогообложения — через региональные субвенции и трансфертное налогообложение. При этом эксперты СП не нашли нарушений действующего законодательства.
11 ноября 2004 года анонимный источник в налоговых органах сообщил СМИ, что завершена проверка ТНК-BP за 2001 год, после чего компании выставлены претензии на сумму в 2,5 млрд руб. без учета штрафов и пеней. Возражения компании рассматриваются в настоящее время.
В ноябре также стало известно, что Федеральная налоговая служба проводит выездные проверки итогов работы в 2001 году "Славнефти", "Роснефти", "Сибнефти" и "Татнефти". Цифры и иные подробности не сообщались.