29 декабря 2003 года МНС потребовало от НК ЮКОС возместить налоговую задолженность за 2000 год на сумму 99,4 млрд руб.
15 аперля 2004 в арбитражный суд Москвы был направлен иск о взыскании этой суммы с ЮКОСа.
16 апреля представители ЮКОСа подали встречный иск к МНС, в котором оспорили законность претензий. 26 мая московский арбитраж удовлетворил иск МНС к НК ЮКОС.
29 июня апелляционная инстанция арбитражного суда Москвы отклонила возражения НК ЮКОС и обязала компанию выплатить налоговые недоимки за 2000 год.
1 июля последовали новые претензии к ЮКОСу со стороны МНС — на этот раз речь шла о налоговых недоимках за 2001 год в размере 98 млрд руб. Адвокаты нефтяной компании продолжили судебные разбирательства по решению от 29 июня и обжаловали его в кассационном порядке через Федеральный арбитражный суд Московского округа, который 10 сентября поставил точку, подтвердив законность налоговых претензий. К концу октября компания погасила налоговую задолженность за 2000 год.
2 июля нефтяники пытались избежать налоговых претензий за 2001 год — представители ЮКОСа отказались принять от налоговиков акт налоговых претензий за этот период. Тогда МНС направило акт претензий по почте заказным письмом, которое было доставлено адресату 5 июля.
19 июля ЮКОС направил в МНС акт разногласий по налоговой проверке за 2001 год. Ответом МНС стала проверка деятельности компании за 2002 год — о получении соответствующего уведомления стало известно 2 августа. А 3 сентября сумма претензий МНС за 2001 год была увеличена до 119,9 млрд руб.
7 октября ЮКОС обжаловал законность претензий в московском арбитраже. На следующей неделе, 12 октября, налоговики сообщили о начале проверки деятельности компании за 2003 год. Жалобу по 2002 году московский арбитраж отклонил (30 ноября отклонена и апелляция адвокатов компании).
1 ноября НК ЮКОС получила претензии от налоговых служб за 2002 год на 193 млрд руб. 12 ноября налоговикам направлены возражения. Налоговые органы претензии компании отклонили и 16 ноября вручили руководству ЮКОСа новый акт проверки за 2002 год, в котором сумма претензий выросла на 800 млн руб. 3 декабря адвокаты НК обжаловали эти претензии в московском арбитраже. Очередные слушания назначены на 14 декабря.
19 ноября ЮКОС получил акт налоговой проверки за 2003 год — сумма претензий составила 169,9 млрд руб.