3 ноября 2003 года арестованный за неделю до этого Михаил Ходорковский объявил о своей отставке с поста председателя правления ЮКОСа. "Как руководитель, я должен сделать все для выведения трудового коллектива компании из-под удара",— заявил он.
12 января 2004 года юристы ЮКОСа направили в МНС возражения к акту налоговой проверки за 2000 год: юристы компании посчитали, что претензии МНС предъявлены не по адресу, не в должном порядке и с ошибками.
16 апреля ЮКОС подал встречный иск к МНС, оспорив законность налоговых претензий за 2000 год, которые были оценены более чем в $3 млрд.
15 июня менеджмент ЮКОСа передал правительству России предложения по урегулированию ситуации, в том числе предложение провести допэмиссию акций ЮКОСа с целью погашения долгов, однако эта инициатива была отвергнута.
16 июня основной акционер ЮКОСа Group MENATEP согласилась предоставить свои активы в качестве гарантии выплат МНС в случае реструктуризации долга.
24 июня бывший председатель Центробанка Виктор Геращенко избран в совет директоров ЮКОСа: акционеры надеялись, что его авторитет поможет наладить диалог с правительством.
12 июля Михаил Ходорковский заявил о возможности безвозмездной передачи контролируемых им 44% акций ЮКОСа в руки менеджмента компании с целью их продажи для погашения долгов по налогам.
8 августа члены семьи аль-Мактум, правящей эмиратом Дубай (ОАЭ), предложили выкупить акции НК ЮКОС, которыми владеют Михаил Ходорковский и его партнеры, за $10 млрд, чтобы спасти компанию от банкротства.
17 сентября финансовый директор НК ЮКОС Брюс Мизамор провел телеконференцию, на которой объявил, что в ближайшие дни компания выплатит $2,4-2,5 млрд из $3,4 млрд налоговой задолженности за 2000 год.
23 сентября совет директоров НК ЮКОС отказался выдавать менеджменту компании рекомендацию по инициированию банкротства.