Образовано в 2004 году как федеральный орган исполнительной власти, осуществляющий функции по оказанию государственных услуг и управлению госимуществом в сфере недропользования. Находится в ведении Минприроды. В структуру входят четыре управления. В ведении Роснедр находятся 12 предприятий и учреждений. В центральном аппарате работают 111 человек, в терорганах агентства — 778, численность кадров подведомственных предприятий — от 4,5 тыс. до 6 тыс. человек в зависимости от сезона (на летний сезон нанимаются временные работники для осуществления полевых работ).
На 20 октября агентством выданы 23 384 лицензии на право пользования недрами. В 2020 году Роснедра обеспечили доходы бюджета РФ на сумму 49,2 млрд руб.