26 октября 2003 года Генпрокуратура предъявила главе ЮКОСа Михаилу Ходорковскому обвинения в том, что тот путем оптимизации налогообложения и незаконного возврата переплаченных налогов нанес государству ущерб на общую сумму около 30 млрд руб.($1 млрд).
2 декабря 2003 года замминистра по налогам и сборам Игорь Голиков направил в адрес генпрокурора Владимира Устинова письмо, в котором сообщал, что компания ЮКОС, используя "серые" схемы оптимизации налогообложения, недоплатила государству 150 млрд руб.29 декабря 2003 года представители МНС вручили руководству ЮКОСа акт налоговой проверки, в котором были зафиксированы правонарушения компании как налогоплательщика, повлекшие неуплату налогов (с учетом пени и штрафов) на общую сумму более 98 млрд руб.