Первое документальное упоминание о военном трибунале в Северо-Кавказском военном округе (СКВО) найдено в служебной записке, составленной на бланке Революционного военного трибунала (РВТ) войск Донской области. В записке изложена просьба: «На основании приказа РВСР № 578 от 18 апреля 1920 года, прошу зачислить Реввоентрибунал войск Донской области под председательством Флориана Вейса на все виды довольствия при штабе Северо-Кавказского военного округа». Согласно списку личного состава РВТ, в него входили: председатель Флориан Вейс, два члена трибунала, шесть следователей, два секретаря, три делопроизводителя, пять переписчиков, два служителя, два извозчика, комендант и десять красноармейцев. Об этом сообщает пресс-служба Южного окружного военного суда,
К началу 1926 года военному трибуналу СКВО были подведомственны пять трибуналов первого звена: в Ростове-на-Дону, Ставрополе, Махачкале, Краснодаре и Ленкорани (Азербайджан). С началом Великой Отечественной войны был сформирован Северо-Кавказский фронт, в составе которого вошли трибуналы фронта, армий, дивизий, отдельных бригад. В первые же месяцы войны судимость резко увеличилась. Так, только в августе 1941 года военным трибуналом СКВО за различные преступления было осуждено 804 человека и 37 оправдано. Трибуналы, действовавшие на Кавказском фронте и в тыловых частях округа, применяли жесткие меры уголовного наказания к изменникам Родины, пособникам нацистов, расхитителям государственной собственности. В то же время лицам, совершившим воинские преступления и раскаявшимся в них, трибуналы давали возможность «...своей кровью искупить вину перед Родиной» и направляли их на фронт в штрафные части, применяя отсрочку лишения свободы до окончания боевых действий. Например, в августе-декабре 1943 года число осужденных с применением отсрочки исполнения наказания составило 3805 человек, или 71,4 % от общего числа осужденных. В послевоенные годы военный трибунал СКВО рассматривал уголовные дела в отношении нацистских военных преступников и их пособников из числа советских граждан. Кроме того, после 1953 года трибунал округа пересматривал дела незаконно репрессированных внесудебными органами граждан с их последующей реабилитацией. С 1 октября 2019 года Северо-Кавказский окружной военный суд переименован в Южный окружной военный суд. В настоящее время Южному окружному военному суду, как суду второго звена, подведомственны 19 нижестоящих гарнизонных военных судов. В 2014 году созданы Севастопольский и Крымский гарнизонные военные суды.