Удельный вес промышленности в экономике города-героя в 2019 году составлял 11,4% от общего объема производства и оказания услуг. Крупными и средними предприятиями отгружено продукции собственного производства, оказано услуг промышленного характера на сумму 52 млрд руб., что составляет 91,2% по отношению к 2018 году. Сегодня на территории Новороссийска действует 481 промышленное предприятие. Из них 18 относятся к категории крупных и средних. В частности, это: ОАО «Новоросцемент», ОАО «Верхнебаканский цементный завод», ООО «Атакайцемент», ООО «Брис-Босфор», ООО «Новоросметалл», ООО «Выбор-С», ООО «Кримиан Франц Киль». При этом три из них входят в десятку крупнейших промышленных производителей края: ОАО «Новоросцемент», ОАО «Верхнебаканский цементный завод» и ООО «Новоросметалл».
Новороссийск является крупнейшим центром цементной промышленности. Пять заводов разрабатывают здесь месторождения мергеля— горной породы, используемой для производства портландцемента. Старейшее предприятие отрасли— ОАО «Новоросцемент». В его структуру входит три цементных завода. Производственные мощности позволяют выпускать свыше 5,7 млн тонн цемента в год, что в объеме продукции отрасли составляет около 8%. Другое старейшее предприятие отрасли— «Атакайцемент». По данным общества, в течение нескольких лет, с 2008 по 2015 год, здесь проводилась масштабная модернизация, полностью заменено оборудование— предприятие работает по экологичному сухому способу производства. Модернизация завода обошлась инвестору в 0,5 млрд руб. Еще одно предприятие отрасли— Верхнебаканский цементный завод производит 2,3 млн тонн цемента в год, что в объеме продукции отрасли составляет около 3,2%. Производством строительных материалов также занимается одна из крупнейших компаний города— «Выбор». На ее заводах, расположенных не только на Кубани, но и в Московской области, и в Красноярске, производится более 500 видов тротуарной плитки и элементов благоустройства.
Наличие крупного порта послужило поводом для создания на территории города крупных предприятий, обеспечивающих его работу. В городе-герое около 15 компаний оказывают услуги по ремонту кораблей. В их числе Новороссийский судоремонтный завод (НСРЗ), входящий в группу компаний ПАО «Новороссийский морской торговый порт», судоремонтная верфь «Алексино порт Марина» и «Судовой Технический центр», осуществляющий ремонт судовых двигателей и электрооборудования.
ООО «Новоросметалл» сегодня входит в десятку крупнейших предприятий Краснодарского края. При этом общество появилось на свет в 1996 году как заготовитель и экспортер металлолома. Через несколько лет из небольшого предприятия была создана крупнейшая в Южном федеральном округе база с мощностью переработки до 500 тыс. тонн в год. В 2006 году на заводе проведена реконструкция: было запущено новое оборудование для производства стали. Проектная мощность составила 360 тыс. тонн квадратной литой заготовки в год. В целях обеспечения выросшего производства сырьем был полностью прекращен экспорт металлолома и создана сеть заготовительных площадок по его сбору в крае и ЮФО.
В 2018 году Новороссийск показал значительный рост малых предприятий— на 22% по сравнению с 2017 годом, их количество достигло отметки 18 тысяч. В числе развивающихся субъектов МСП в мэрии Новороссийска называют ООО «Новороссийский кислородный завод», ООО «Вист», ООО «Новохим», Новороссийскую перерабатывающую компанию, ООО «Парма», ООО «НоворосТент», ООО «Росспласт», завод «РемБытМашприбор», ООО «Эко-Пак», ООО «Новорос-Бетон», ООО «НК Монолит», ООО «Карум», ООО «Стильная ковка», ООО «Черномормебель», швейные фабрики «Юг», «Мария», «Ассана», «Золушка» и другие.