| Министерство образования РФ (образовано 25 мая 1999 года) | Владимир Филиппов | 4 года 9 месяцев (25 мая 1999 года — 9 марта 2004 года) |
| Министерство образования и науки РФ (образовано 9 марта 2004 года) | Андрей Фурсенко | 8 лет и 2 месяца (9 марта 2004 года — 21 мая 2012 года) |
| Дмитрий Ливанов | 4 года и 2 месяца (21 мая 2012 года — 19 августа 2016 года) |
| Ольга Васильева | 3 года и 5 месяцев (19 августа 2016 года — 21 января 2020 года) |
| Министерство просвещения (образовано 15 мая 2018 года) |
| Сергей Кравцов | С 21 января 2020 года |
| Министерство науки и высшего образования (образовано 15 мая 2018 года) | Михаил Котюков | 1 год и 8 месяцев (18 мая 2018 года — 21 января 2020 года) |
| Валерий Фальков | С 21 января 2020 года |
