Основан в 1956 году как областная сельскохозяйственная опытная станция. В 1971 году была реорганизована в Научно-исследовательский и проектно-технологический институт животноводства Центрально-Черноземной зоны. В 1978 году на базе института животноводства и филиала Воронежского сельскохозяйственного института был создан Белгородский сельскохозяйственный институт. В 1994 году институт получил статус академии, в 2014-м — университета. Готовит выпускников по 143 направлениям, включая дополнительное образование и аспирантуру. В рейтинге российских аграрных университетов «Национальное признание» 2019 года, подготовленном на основании данных Минсельхоза, Белгородский агроуниверситет занял 12-ю строчку, войдя в группу «лучших».