До недавнего времени ситуация в российской фармотрасли ухудшалась лавинообразно. Если к началу 1990-х годов в стране производилось свыше 3 тыс. наименований готовых лекарственных средств, что обеспечивало потребности населения и лечебно-профилактических учреждений на 70%, а по объему поставляемой продукции — на 50–60%, то к 1998 году производство субстанций по номенклатуре снизилось в два с половиной раза, а по объему — в пять раз.
До начала реформ в России производство фармацевтических субстанций находилось на достаточно высоком уровне. Отечественная промышленность практически полностью обеспечивала субстанциями не только свои заводы по выпуску готовых лекарственных препаратов, но и экспортировала их, и даже оказывала техническую помощь в строительстве соответствующих производств за рубежом.
Начиная с 1990-х годов производство фармацевтических субстанций стало резко снижаться. За период до 2010 года объемы производства субстанций в России сократились более чем в 20 раз. За эти годы было ликвидировано до 90% производственных мощностей по синтезу фармацевтических субстанций. В 2005 году использование мощности по производству фармацевтических субстанций составило 22%, в том числе по витаминам — 24%, по антибиотикам — 5%. В итоге сегодня из отечественных фармацевтических субстанций производится лишь 15% лекарственных препаратов. Недостаток объемов восполняется поставками из Индии и Китая, как наиболее дешевых поставщиков.