Янь Сюэтун родился 7 декабря 1952 года в Тянцзине (КНР). В 1982 году окончил Хэйлунцзянский университет в Харбине со степенью бакалавра, в 1986 году получил степень магистра международной политики в Институте современных международных отношений (Пекин). В 1992 году стал доктором политических наук в Университете Беркли (США).
В 1982 году стал работать в Институте современных международных отношений, где начал научным сотрудником, а в 1996 году возглавил Центр изучения международной политики. Также в 1993–1996 годах был профессором Пекинского университета, а в 1993–1999 годах — адъюнкт-профессором Института международных отношений. Кроме того, был научным сотрудником и приглашенным профессором двух университетов США (Беркли и Джорджия), а также Монтерейского института международных исследований (Калифорния) в 1994–1998 годах, работал адъюнкт-профессором в Университете Цзинаня (1999–2001). С 2000 года возглавляет Институт международных исследований Пекинского университета Цинхуа, также с 2005 года — главный редактор журнала о международной политике.
Профессор Университета Цинхуа, адъюнкт-профессор Университета национальной обороны Народно-освободительной армии Китая, вице-председатель Китайской ассоциации американистики, входит в Китайскую ассоциацию содействия ООН, Китайскую ассоциацию мирного объединения и другие организации. Научный руководитель, консультант ряда корейских и китайских политических и экономических журналов. Автор десятков книг и публикаций.