Практически одновременно опубликованы два наиболее авторитетных отечественных рейтинга высших учебных заведений за 2016 год - 100 лучших вузов России по версии агентства «Эксперт РА» и совместный проект «Интерфакса» и «Эха Москвы» - «Национальный рейтинг университетов». Большинство черноземных вузов смогли улучшить позиции в обоих рейтингах, а семь – вошли в них впервые.
В рейтинг «Эксперт РА» вошли семь вузов макрорегиона, а наилучший результат традиционно показал Воронежский госуниверситет (ВГУ). Он занял 42 позицию, потеряв два пункта (40-я годом ранее). Воронежский государственный медуниверситет имени Бурденко (ВГМУ) вырос в рейтинге «Эксперта» до 49 позиции (56 в 2015 году). В нынешнем году в 100 лучших вузов России по версии агентства попал Воронежский архитектурно-строительный госуниверситет (ВГАСУ), который не был представлен в этом перечне годом ранее. Он расположился на 77 позиции. Отметим, что ВГАСУ сейчас ликвидируется как самостоятельная институция и присоединяется к Воронежскому техническому госуниверситету (ВГТУ) в рамках создания опорного вуза. Белгородские вузы, как и годом ранее, расположились в середине рейтинга «Эксперта». Белгородский государственный национальный исследовательский университет (БелГУ) поднялся на 59 позицию с 72 в 2015-м. Белгородский технологический университет имени Шухова занял 67 строчку в рейтинге (61-я годом ранее). Замыкают рейтинг два курских вуза – Курский государственный медуниверситет (КГМУ, поднялся с 90-й на 81-ю строчку) и Юго-Западный госуниверситет (ЮзГУ, с 92-й на 82-ю).
В «Национальном рейтинге университетов» за 2016 год представлены практически все вузы макрорегиона – они заняли 16 строчек из 238. Первым из черноземных также стал ВГУ, он расположился на 27 позиции (в подборке за 2014-2015 годы он занимал тоже). В перечне впервые оказался получивший статус опорного ВГТУ (86-87 место, вузы с одинаковыми оценками группируются). Объединяющийся с ним ВГАСУ в нынешний рейтинг не попал, а в предыдущем занимал 107-108 позицию. Также впервые в «Национальном рейтинге университетов» на 91-92 строчке оказался Воронежский лесотехнический госуниверситет имени Морозова (ВГЛТУ). Заметно поднялся в рейтинге Воронежский аграрный госуниверситет имени императора Петра I (ВГАУ) – c 166 места до 137-142.
БелГУ занял 52-54 позицию против 59 в предыдущем выпуске рейтинга. БГТУ остался на 121 месте, сохранив старую позицию. Еще один формирующийся в макрорегионе опорный вуз – Орловский госуниверситет имени Тургенева (ОГУ) - занял 182-186 место, опустившись с 157-158 в прошлом рейтинге. Объединяющийся с ним «Госуниверситет-УНПК» в нынешний рейтинг не попал (в прошлом занимал 162 место). Орловский аграрный госуниверситет значительно снизил место в рейтинге, опустившись с 133 позиции на 206-214. Курский ЮзГУ заметно вырос с 154-154 позиции до 81-82. Не попавший в подборку «Эксперта» Курский госуниверситет (КГУ) в «Национальном рейтинге университетов»-2016 занял 193-194 строчку (192-193 годом ранее). КГМУ впервые попал в рейтинг на 117-120 место. Тамбовский госуниверситет имени Державина (ТГУ) поднялся на 94-96 строку со 101-й. Впервые в рейтинге Тамбовский технический госуниверситет (101-102 позиция) и Мичуринский аграрный госуниверситет (206-214 место). Липецкая область представлена двумя вузами – оказавшимся там впервые Липецким техническим госуниверситетом (220-224 место) и Елецким госуниверситетом, поднявшимся с 209-209 места на 191-192.