Хорст Лоренц Зеехофер родился 4 июля 1949 года в баварском Ингольштадте. В 1970 году окончил Баварское училище госуправления, в 1979 году получил высшее образование в Мюнхенской академии управления и бизнеса.
С 1970 по 1980 год работал в администрациях Ингольштадта и Айхштетта. С 1971 года — член партии «Христианско-социальный союз» (ХСС). Впервые избрался в Бундестаг в 1980 году, впоследствии неоднократно переизбирался (последний раз — в 2005 году), курировал социальную политику ХСС. В 1989–1992 годах работал парламентским секретарем министра труда и социальных отношений ФРГ Норберта Блюма. В 1992–1998 годах занимал пост министра здравоохранения и социальной защиты в правительстве Гельмута Коля, после этого работал зампредом фракции Христианско-демократического союза и ХСС в Бундестаге. В 2004 году покинул этот пост из-за разногласий с руководством по реформе медстрахования, за что получил прозвище Социальная Совесть ХСС. В 2005–2008 годах занимал пост министра продовольствия, сельского хозяйства и защиты прав потребителей в правительстве Ангелы Меркель. Будучи министром, в 2007 году выставлял свою кандидатуру на пост главы ХСС, но потерпел неудачу из-за громкого скандала с внебрачным ребенком.
В октябре 2008 года ХСС впервые с 1962 года не смог получить большинство на местных выборах, после чего Зеехофер возглавил партию. Помимо этого, с 27 октября 2008 года занимает пост премьер-министра Баварии. В 2011–2012 годах в порядке ротации был главой Бундесрата — законодательного представительного органа федеральных земель ФРГ. С 17 февраля по 23 марта 2012 года был и. о. президента Германии после досрочной отставки Кристиана Вульфа.