родился в 1936 году в городе Горьком. Окончил Московскую сельскохозяйственную академию имени Тимирязева, затем — четыре курса физфака МГУ. Поступил в аспирантуру Атомного института. Досрочно окончил ее, получив степень кандидата наук. В 1966 году стал руководителем научной группы в Академии наук СССР, а в 1970-м — заведующим лабораторией, защитил докторскую диссертацию. Опубликовал 35 книг на шести языках и множество статей, добивался реабилитации генетики, которая считалась буржуазной лженаукой. В 1974 году стал организатором нового института — ВНИИ прикладной молекулярной биологии и генетики.
В середине 1970-х годов включился в правозащитную деятельность. После того как Сахарова сослали в Горький, написал письмо Брежневу, где заявил, что государству стоит опубликовать критические статьи Сахарова и аргументированно ответить на них. После этого письма Высшая аттестационная комиссия АН СССР отклонила результаты защиты докторской, а Сойфер и его жена были уволены. Следующие восемь лет они не могли нигде официально трудоустроиться и были вынуждены зарабатывать ремонтом квартир. Имя Валерия Сойфера было в так называемом списке Рейгана — перечне лиц, которых американский президент просил выпустить из СССР в Штаты. В 1988 году Сойфер был лишен советского гражданства и выехал в США, где стал профессором Университета штата Огайо. С 1990 года и по настоящее время занимает должность профессора Университета им. Джорджа Мейсона. В 1990-е годы был генеральным директором Международной соросовской программы образования в области точных наук. Награжден медалью Грегора Менделя за выдающиеся достижения в биологии и серебряной медалью Николая Вавилова. Почетный профессор МГУ имени Ломоносова, Казанского государственного университета, Ростовского государственного университета, Сибирского отделения Российской Академии наук, почетный доктор Иерусалимского университета.