14 февраля 2014 года сотрудники СКР и ФСБ провели обыски у сотрудников главного управления экономической безопасности и противодействия коррупции (ГУЭБиПК) МВД по возбужденному СКР делу о «превышении должностных полномочий», «провокации взятки» и «организации преступного сообщества». По версии следствия, полицейские пытались спровоцировать на получение взятки сотрудника управления собственной безопасности ФСБ Игоря Демина, через посредников предлагая ему $10 тыс. ежемесячно за крышевание бизнеса. Тогда же были задержаны агенты и сотрудники управления, в том числе Алексей Боднар и Иван Косоуров.
21 февраля Владимир Путин освободил от должности начальника ГУЭБиПК Дениса Сугробова. 26 февраля были арестованы замначальника ГУЭБиПК генерал-майор Борис Колесников и Салават Муллаяров, возглавлявший управление «Б» (борьба с хищениями в бюджетной сфере).
11 мая Басманный суд Москвы санкционировал арест Дениса Сугробова, которого следствие назвало организатором преступлений. Позже суд отказался освободить его под залог в 103 млн руб. В течение полугода в деле появилось около 20 эпизодов превышения должностных полномочий.
10 июня СКР прекратил дело против экс-директора департамента Счетной палаты Александра Михайлика, который на основании оперативного эксперимента ГУЭБиПК был задержан в 2013 году за получение взятки.
16 июня после допроса в здании СКР выбросился с шестого этажа Борис Колесников. После проведенной проверки следствие признало его самоубийство некриминальным.
10 ноября потерпевший по делу ГУЭБиПК бывший сити-менеджер Смоленска Константин Лазарев отсудил у Минфина 25 млн руб. в качестве компенсации за незаконное уголовное преследование. Общая сумма гражданских исков от потерпевших оценивалась в 200 млн руб.
3 декабря 2014 года и 27 апреля 2015 года Мосгорсуд приговорил бывшего оперативника ГУЭБиПК Максима Назарова и замначальника управления «Б» Алексея Боднара к пяти и пяти с половиной годам соответственно. Оба признали свою вину и заключили соглашения с Генпрокуратурой.