В марте 2002 года вице-президент Конфедерации футбола Африки сомалиец Фарах Аддо заявил, что в 1998 году, перед выборами президента FIFA, к нему обратились несколько бизнесменов из арабских стран, предложивших $100 тыс. за то, чтобы он голосовал за Йозефа Блаттера. Господин Блаттер в ответ заявил, что «те выборы уже забыты». В июле 2004 года FIFA признала сомалийца виновным в коррупции и дисквалифицировала его на десять лет. В ходе расследования, проведенного дисциплинарным комитетом международной федерации, было выявлено, что Фарах Аддо использовал в своих интересах часть средств, которые выделялись FIFA на развитие футбола в этой африканской стране. Сомалиец был оштрафован на $40 тыс. и еще столько же должен был перечислить FIFA в качестве компенсации за расследование.
В мае 2006 года вышла книга британского журналиста Эндрю Джексона, в которой он оценил масштабы коррупции в FIFA в $600 млн в год. Поводом для его расследования стали сведения о переводе 1 млн швейцарских франков, совершенном маркетинговой фирмой ISL в 1998 году, на счет «высокопоставленного футбольного чиновника», всплывшем в 2001 году в ходе ее банкротства. В 2008 году перед швейцарским судом предстали шесть сотрудников ISL, которые признали факты выплат футбольным функционерам, но были оправданы, поскольку выплаты не были признаны взяткой.
18 ноября 2010 года FIFA обнародовала итоги расследования, проводившегося после появления в британских СМИ утверждений о том, что два члена исполкома FIFA — Амос Адаму и Рейнальд Темарии — согласились продать голоса на выборах стран—хозяек чемпионатов мира 2018 и 2022 годов за £500 тыс. и £1,5 млн соответственно. Решением комитета по этике оба были дисквалифицированы.
В ходе расследования всплыли имена еще нескольких функционеров FIFA, причастных к скандалу. Среди них оказались: глава палаты по разрешению споров FIFA Слим Алолу (Тунис) — дисквалифицирован на два года, члены судейского комитета FIFA Амаду Диаките (Мали) и Аонгалу Фусималои (Тонга) — по три года дисквалификации, Исмаил Бхамджи (Ботсвана) — четырехлетняя дисквалификация. В ноябре 2010 года The Sunday Times сообщила, что имеет свидетельства Амоса Адаму, утверждающего, что руководство российского заявочного комитета предлагало ему помощь в строительстве футбольных полей в Нигерии в обмен на голосование за Россию. В ноябре 2014 года FIFA прекратила расследование по выборам стран—хозяек чемпионатов мира 2018 и 2022 годов, не найдя никаких нарушений.
12 августа 2011 года FIFA объявила о том, что сразу 16 высокопоставленных футбольных чиновников из стран Карибского бассейна подозреваются в получении взяток перед выборами президента организации, состоявшимися 1 июня. Расследование вели комитет по этике FIFA и экспертная группа во главе с бывшим директором ФБР Луисом Фри. Об итогах разбирательства не сообщалось.
В мае 2011 года глава Азиатской конфедерации футбола катарец Мохаммед бен Хаммам, который собирался на выборах 1 июня конкурировать с действующим президентом Йозефом Блаттером, обвинил последнего в покрывательстве ряда чиновников-коррупционеров, уличенных в продаже своих голосов. В результате Мохаммед бен Хаммам сам был отлучен от футбольной деятельности по обвинению в подкупе делегатов конгресса FIFA. Еще один фигурант дела, вице-президент FIFA Джек Уорнер, ушел в отставку сам, не дожидаясь окончания разбирательства. Мохаммед бен Хаммам позднее выиграл суд против FIFA и добился отмены пожизненной дисквалификации, но в 2012 году был вновь отстранен за нарушения «при реализации некоторых контрактов», а также неправомерное использование банковских счетов.