В июле 2013 года капитан ФК «Краснодар» Александр Мартынович, имеющий российское и белорусское гражданства, подал в Хамовнический суд иск к РФС с требованием отменить действующий в российском футболе лимит на легионеров. В иске он пояснил, что лимит ущемляет его права на труд и дискриминирует его по сравнению с гражданами РФ. В августе того же года игрок отозвал претензии к РФС.
В конце мая 2014 года РФС лишил футбольный клуб «Ростов» лицензии для участия в розыгрыше Лиги Европы-2014/15, несмотря на победу в Кубке России. Причиной послужили юридические и бухгалтерские проблемы клуба. Руководство команды подало иск в Спортивный арбитражный суд (CAS), в июне 2014 года апелляция была удовлетворена. В июле 2014 года экс-голкипер команды Деян Радич заявил, что Николай Толстых требовал у него компромат на «Ростов», чтобы потом озвучить его на пресс-конференции. В апреле 2015 года CAS вновь подтвердил решение о предоставлении команде лицензии, штрафы со стороны РФС были аннулированы.
11 августа 2014 года «Новая газета» опубликовала стенограмму заседания исполкома РФС от 30 июля, на которой президент ЦСКА Евгений Гинер раскритиковал Николая Толстых за его предложение принять крымские клубы в РФС и назвал последнего «натуральным животным». 20 августа комитет по этике РФС постановил господину Гинеру извиниться перед исполкомом РФС. Позже Евгений Гинер заявил, что Николай Толстых плохо знает слово «конфиденциальность». 30 октября 2014 года после очередного заседания исполкома господин Толстых заявил, что Евгений Гинер «не принес извинения исполкому РФС и покинул заседание несколько раньше, чем закончилась повестка дня».
В ноябре 2014 года Роструд выявил в РФС задолженность по зарплате на сумму более 181,5 млн руб. Выяснилось, в частности, что главному тренеру сборной Фабио Капелло деньги не выплачивались на протяжении шести месяцев, задолженность оценивалась в €5 млн. Николай Толстых подвергся административному штрафу и попал под угрозу дисквалификации. В феврале разрешить ситуацию помог бизнесмен Алишер Усманов, предоставивший РФС целевой кредит на льготных условиях для погашения задолженности.
24 апреля 2015 года копия контракта Фабио Капелло была опубликована «Новой газетой». Из документа следовало, что зарплата тренера составляет €7 млн в год, за выход в 1/8 финала чемпионата мира-2018 господин Капелло должен получить €1 млн, за выход в 1/4 и 1/2 финала — по €1,5 млн и за победу в финале — €5 млн. После этого член исполкома РФС Сергей Степашин заявил, что финансовое положение РФС не позволяет организации самостоятельно выполнить контракт с Капелло. «РФС — в предбанкротном состоянии, в долгах как в шелках»,— заявил господин Степашин.