В АФК «Система» также входит 84,6% ОАО РТИ, в которое, в свою очередь, входят оборонный концерн «РТИ Системы», зеленоградский производитель микрочипов ОАО «НИИМЭ и Микрон» и IT-холдинг «Энвижн Груп». Общая выручка ОАО РТИ в 2013 году составила $2,2 млрд. В портфеле АФК есть и медийный холдинг «Система масс-медиа» (85,7%), управляющий телекомпанией «Стрим», ЗАО «Всемирные русские студии», ОАО «Объединенные русские киностудии», рекламным агентством «Максима» и ООО ЦТВ. «Система масс-медиа» в 2013 году показала выручку $109,8 млн и OIBDA $45,7 млн.
В число активов АФК «Система» входит одна из крупнейших в России сетей медицинских клиник «Медси», выручка которой в 2013 году составила $294 млн, а также 37% в российском совместном предприятии с немецкой фармацевтической Fresenius Kabi, куда «Система» внесла принадлежащие ей 74% подмосковного производителя лекарств «Биннофарм» (выручка в прошлом году — $104,3 млн). В сфере ритейла АФК принадлежит 100% сети товаров для детей «Детский мир», оборот которой в 2013 году составил $1,13 млрд.