25 июня 2008 года на перегоне между станциями «Отрадное» и «Владыкино» Серпуховско-Тимирязевской линии 4 вагона сошли с рельсов, возникло задымление. 9 человек пострадали, 1 был госпитализирован. Причиной ЧП стал излом головки рельса.
26 октября 2011 года произошел пожар в тоннеле между станциями «Царицыно» и «Орехово» Замоскворецкой линии. Было эвакуировано около 100 пассажиров. Причиной пожара назвали неосторожное обращение с огнем при курении в подсобном помещении.
15 апреля 2012 года на станции «Комсомольская» кольцевой линии произошла аварийная остановка эскалатора. Травмы получили 10 человек.
5 мая 2013 года из-за задымления остановлено движение на участке Таганско-Краснопресненской линии между станциями «Текстильщики» и «Выхино». 300 человек эвакуировали, три человека были госпитализированы. Причиной стало возгорание контактного рельса в тоннеле между станциями «Выхино» и «Рязанский проспект». О наказании ответственных лиц не сообщалось.
5 июня 2013 года между станциями «Библиотека имени Ленина» и «Охотный Ряд» Сокольнической линии в результате короткого замыкания произошло возгорание силового кабеля. 4,5 тыс. человек были эвакуированы, в том числе и из тоннелей. Около 80 человек пострадали, 28 из них были госпитализированы, им выплатили компенсации по 100 тыс. руб. После возобновления движения из-за нового возгорания кабеля оно было снова остановлено, часть линии между «Парком культуры» и «Комсомольской» была закрыта на несколько часов.
11 июня 2013 года на участке между станциями «Серпуховская» и «Тульская» Серпуховско-Тимирязевской линии из-за неисправности состава произошло отключения электроснабжения. Было остановлено движение поездов от «Боровицкой» до «Нагорной».14 человек пострадали.
21 марта 2014 года на Арбатско-Покровской линии было остановлено движение между станциями «Щелковская» и «Партизанская». Из-за ремонтных работ на поверхности был поврежден водовод, и пути в тоннеле затопило. Из метро было эвакуировано 600 человек, один сотрудник Мосводоканала погиб.