6 октября 1995 года с третьей попытки был лишен мандата Сергей Мавроди, в отношении которого было возбуждено дело в связи с махинациями в компании МММ. 17 декабря 1997 года его объявили в розыск, но задержали только 31 января 2003 года. 28 апреля 2007 года экс-депутат был приговорен к четырем с половиной годам и в мае того же года вышел на свободу.
18 сентября 1998 года Госдума лишила иммунитета Надиршаха Хачилаева. Он обвинялся в пособничестве боевикам и организации массовых беспорядков в Дагестане в мае 1995 года. В июне 2000 года господин Хачилаев был приговорен к полутора годам, но амнистирован. 11 августа 2003 года застрелен в Махачкале.
1 ноября 2001 года по запросу Генпрокуратуры Госдума частично лишила депутатской неприкосновенности Владимира Головлева, обвиняемого в хищении средств от приватизации в Челябинской области. Парламент согласился на его привлечение к уголовной ответственности, но отказал в возможности ареста. В августе 2002 года, в разгар следствия, Владимир Головлев был убит.
3 ноября 2010 года Госдума сняла неприкосновенность с депутата ЛДПР Ашота Егиазаряна, а 9 марта 2011 года дала согласие на арест депутата. Против экс-депутата возбуждено три уголовных дела. Ему инкриминируются два эпизода мошенничества в крупных размерах и легализация средств, полученных преступных путем. Бывший депутат объявлен в международный розыск, скрывается в США.
6 июля 2012 года неприкосновенности был лишен депутат от КПРФ Владимир Бессонов. Он обвинялся в нападении на полицейского на несанкционированном митинге в Ростове-на-Дону в декабре 2011 года. В июле 2013 года дело было расследовано и передано на утверждение в прокуратуру.
11 февраля 2013 года от неприкосновенности добровольно отказался депутат КПРФ Константин Ширшов. Ранее в январе Генпрокуратура обратилась в Госдуму с просьбой рассмотреть вопрос о лишении неприкосновенности господина Ширшова. Коммунист подозревался в торговле думским мандатом. 26 мая 2014 года Мосгорсуд признал Константина Ширшова виновным и приговорил к пяти годам колонии.
19 февраля того же года Госдума лишила неприкосновенности Олега Михеева («Справедливая Россия»). С представлением о лишении неприкосновенности господина Михеева Генпрокуратура обратилась 23 января: справоросс подозревался в мошенничестве с кредитами, хищении имущества и давлении на суд. Дело против депутата, возбужденное 4 марта 2013 года, было закрыто 24 апреля 2014 года. Сам господин Михеев прокомментировал это решение как «профессиональный подход следствия».