В ноябре 1996 года генпрокурор Юрий Скуратов направил в Совет федерации (СФ) представление о лишении неприкосновенности председателя законодательного собрания Петербурга Юрия Кравцова, которого подозревали в хищении госсредств, получении взятки и подстрекательстве к подлогу. СФ отклонил запрос, дело закрыли.
6 ноября 2003 года Красноярский крайсуд по запросу Генпрокуратуры признал незаконным избрание сенатором от Эвенкии экс-главы компании «ЮКОС-Москва» Василия Шахновского, который обвинялся в неуплате налогов. В 2004 году суд приговорил его к году тюрьмы, но освободил «в связи с изменением обстановки».
25 апреля 2005 года спикер челябинского законодательного собрания Виктор Давыдов обратился к спикеру СФ Сергею Миронову с просьбой отозвать сенатора Владислава Жиганова, который подозревался в незаконном ношении ордена Красного Знамени. Господин Жиганов добровольно покинул должность, дело не возбудили.
Весной 2006 года Генпрокуратура возобновила дело о хищении в 1997 году $231 млн в МАПО МиГ, одним из подозреваемых по которому был сенатор от Пензенской области Андрей Вавилов. 10 января 2007 года Верховный суд вынес решение о наличии в действиях господина Вавилова состава преступления, но в 2008 году дело закрыли.
23 июня 2006 года по инициативе Сергея Миронова СФ прекратил полномочия сенатора от Калмыкии Левона Чахмахчяна. Ранее он был задержан при получении взятки $300 тыс. в офисе «Трансаэро». В итоге уже бывший сенатор получил семь с половиной лет заключения.
30 сентября 2006 года Госсобрание Башкирии прекратило полномочия сенатора Игоря Изместьева. Генпрокуратура подозревала его в связях с ОПГ. 16 января 2007 года экс-сенатор был арестован по обвинению в организации двух убийств. В 2010 году он приговорен к пожизненному заключению.
10 ноября 2013 года СК РФ отправил в Генпрокуратуру запрос на лишение неприкосновенности сенатора от Новгородской области Александра Коровникова, который подозревался в посредничестве в даче взятки. В феврале 2014 года Генпрокуратура вернула запрос из-за выявленных ошибок.