31 мая 2005 года Мещанский суд вынес приговор по первому делу ЮКОСа, назначив Михаилу Ходорковскому и Платону Лебедеву по девять лет колонии общего режима. 22 сентября кассационная коллегия Мосгорсуда по жалобе адвокатов подсудимых сократила каждому срок на один год (до восьми лет).
30 декабря 2010 года Хамовнический суд вынес приговор по второму делу Михаила Ходорковского и Платона Лебедева, приговорив каждого из них к 14 годам колонии с учетом наказания по первому делу. 24 мая 2011 года Мосгорсуд вынес решение по апелляции бизнесменов, сократив каждому общий срок с 14 до 13 лет.
В мае 2011 года осужденные Платон Лебедев и Михаил Ходорковский подали ходатайства об условно-досрочном освобождении в Преображенский райсуд Москвы. Суд оставил их без рассмотрения, поскольку к ходатайствам не были приложены необходимые документы.
В июне адвокаты Платона Лебедева подали прошение об УДО в Вельский райсуд Архангельской области. 27 июля суд отказал заявителю на том основании, что тот «не встал на путь исправления». 7 декабря 2012 года защита обратилась в Верховный суд РФ с жалобой на это решение.
24 февраля 2012 года адвокаты осужденных подали в Верховный суд РФ совместную надзорную жалобу на приговор по второму делу ЮКОСа, указав, что «приговор… является неправосудным… и подлежит отмене». В августе постановление Верховного суда о возбуждении надзорного производства по жалобе поступило в Мосгорсуд.
8 августа Вельский райсуд сократил наказание Платону Лебедеву с 13 лет до 9 лет 8 месяцев в связи со смягчением уголовного законодательства. Однако по кассации прокуратуры это решение было отменено Архангельским облсудом 21 сентября. 1 ноября в ходе пересмотра дела Вельский суд сократил срок до десяти лет. Этот вердикт был обжалован и прокуратурой, и защитой. 14 декабря Архангельский облсуд вновь отменил решение о сокращении срока Платону Лебедеву, отправив дело на новое рассмотрение в ином составе суда.
20 декабря Мосгорсуд снизил наказание осужденным с 13 до 11 лет. 4 февраля 2013 года их защита обжаловала второй приговор в Верховном суде РФ. Адвокаты требовали освободить осужденных в связи с отсутствием в их действиях состава преступления.
23 января 2013 года Вельский суд на рассмотрении вопроса о смягчении наказания Платону Лебедеву решил прекратить производство по этому делу, в связи с тем что обстоятельств, смягчающих его вину, не появилось. 20 марта Архангельский облсуд отказал в УДО, подтвердив решение городского суда.
6 августа Верховный суд РФ снизил приговор по второму делу до десяти лет десяти месяцев каждому. 17 сентября адвокаты обжаловали это решение. 13 ноября суд отказал в возбуждении производства по жалобе.
3 декабря Платон Лебедев и его адвокаты подали в Верховный суд РФ жалобу на отказы в УДО в 2011 году. 23 декабря адвокаты Платона Лебедева обратились в Верховный суд РФ с надзорной жалобой на приговор по второму делу.