Наиболее резонансной инициативой Андрея Крайнего на посту главы Росрыболовства стали планы по введению платы за любительскую рыбалку. После ряда акций протеста ведомство предложило взамен систему фиш-карт, дающих право рыбачить в течение определенного периода. В январе 2012 года премьер Владимир Путин потребовал «оставить людей в покое», и Андрей Крайний заявил, что платной рыбалки в России не будет.
В апреле 2010 года сахалинские общественные объединения призвали правительство навести порядок в отрасли и отправить в отставку ее руководителя. Их негодование вызвали решение о реорганизации территориальных управлений и неразбериха с распределениями квот на вылов рыбы. Сам чиновник расценил демарш как протест «серого» бизнеса.
Ведомство пережило ряд коррупционных скандалов. Одним из самых громких стал происшедший в июне 2010 года инцидент, когда пытавшийся уйти от погони ФСБ чиновник Росрыболовства выкинул из окна машины взятку в 10 млн руб. Тогда агентство получило официальное предупреждение СКР об устранении причин, способствующих коррупции.
В апреле 2011 года глава Росрыболовства выступал свидетелем в суде по делу своего помощника Игоря Бакулина, обвиняемого в получении $250 тыс. за победу в аукционе по распределению квот по вылову лосося. Господин Крайний считал подчиненного невиновным, но суд приговорил его к трем годам колонии.