Порядок рассмотрения ходатайств о помиловании определяется указом президента от 28 декабря 2001 года «О комиссиях по вопросам помилования на территории субъектов РФ». Согласно документу, осужденный обращается с ходатайством о помиловании к президенту РФ в письменной форме. В тот же день оно регистрируется администрацией исправительного учреждения. В течение десяти дней (в случае особо тяжкого преступления — 20 дней) оно передается в территориальный орган исполнительной системы, который в течение пяти дней передает его в региональную комиссию по помилованию (ее состав утверждается главой региона). Последняя не позднее чем через 30 дней представляет заключение о целесообразности помилования высшему должностному лицу субъекта РФ. Глава региона в течение десяти дней (в случае особо тяжкого преступления — 15 дней) вносит представление о целесообразности помилования президенту РФ. Список лиц, рекомендованных к помилованию, подлежит опубликованию в СМИ в месячный срок со дня принятия такого решения. Президент во времени рассмотрения ходатайства не ограничен. В случае положительного решения указ о помиловании в течение двух дней направляется в администрацию учреждения. В случае отрицательного решения повторное рассмотрение обращения осужденного допускается не ранее чем через год.