Изменения в закон допускают возможность противоречия акционерного соглашения уставу компании, а недовольная сторона лишается права оспорить соглашение на этом основании. Юристы подчеркивают, что формулировка поправок не слишком удачна, поскольку соглашение может противоречить уставу только в части, где он не копирует императивные нормы закона. «Если есть противоречие правилам устава, поправки говорят о том, что соглашение все равно действует, но чем тогда руководствоваться — соглашением или уставом? Оспорить соглашение нельзя, но соблюдать ли его?» — замечает Денис Кутишенко из Incor. Артур Рохлин из LexAr полагает, что соглашение будет иметь приоритет для тех, кто его подписал, исходя из того, что его нельзя признать недействительным как противоречащее уставу. По мнению Михаила Сафарова, на практике могут возникнуть ситуации, когда акционеры не учли последние изменения в устав, тогда соглашение вступит с ними в противоречие и в этой части преимущество может быть у устава.
Кроме того, в целях сохранения баланса между интересами акционеров, подписавших и не подписавших акционерное соглашение, проект обязывает стороны акционерного соглашения уведомить компанию о факте его заключения. За отсутствие такого уведомления вводится санкция в виде возмещения убытков в пользу тех акционеров, которые о соглашении не знали. В случае выхода одного из акционеров из общества акционерное соглашение сохраняет силу для всех оставшихся лиц, если только в самом соглашении не указано иное.