31 мая 2005 года Мещанский суд вынес приговор по первому делу ЮКОСа, дав Михаилу Ходорковскому и Платону Лебедеву по девять лет колонии общего режима. 22 сентября кассационная коллегия Мосгорсуда сократила каждому срок на один год (до восьми лет).
22 августа 2008 года Ингодинский райсуд Читы отклонил ходатайство Ходорковского об условно-досрочном освобождении (УДО). Поводом было названо неснятое взыскание и отказ осужденного от получения профессии швеи-мотористки.
30 декабря 2010 года Хамовнический суд вынес приговор по второму делу Ходорковского и Лебедева, приговорив каждого из них к 14 годам колонии с учетом наказания по первому делу. 24 мая 2011 года Мосгорсуд вынес решение по апелляции бизнесменов, сократив каждому общий срок с 14 до 13 лет.
В мае 2011 года осужденные подали ходатайства об УДО в Преображенский райсуд Москвы. Суд оставил их без рассмотрения, поскольку к ходатайствам не были приложены необходимые документы.
В июне 2011 года адвокаты Лебедева подали прошение об УДО в Вельский райсуд Архангельской области. В июле суд отказал заявителю на том основании, что тот «не встал на путь исправления». 7 декабря 2012 года защита обратилась в Верховный суд РФ с жалобой на это решение.
24 февраля 2012 года адвокаты осужденных подали в Верховный суд РФ совместную надзорную жалобу на приговор по второму делу ЮКОСа, указав, что «приговор… является неправосудным… и подлежит отмене». В августе постановление Верховного суда о возбуждении надзорного производства по жалобе поступило в Мосгорсуд.
8 августа 2012 года Вельский райсуд сократил наказание Платону Лебедеву с 13 лет до 9 лет 8 месяцев в связи со смягчением уголовного законодательства. Однако по кассации прокуратуры это решение было отменено Архангельским облсудом. 1 ноября в ходе пересмотра дела Вельский суд сократил срок до десяти лет. Этот вердикт был обжалован и прокуратурой, и защитой. 14 декабря Архангельский облсуд вновь отменил решение о сокращении срока Лебедеву, отправив дело на новое рассмотрение в ином составе суда.