Сергей Пускепалис родился в 1966 году в Курске. Окончил саратовское театральное училище, проходил срочную службу на флоте. Учился у Петра Фоменко в РАТИ (выпуск в 2001 году). Сотрудничество и личная дружба с драматургом и писателем Алексеем Слаповским во многом определили режиссерскую судьбу Пускепалиса. После выпуска из РАТИ он поставил в Москве его пьесу "Двадцать семь" (этот спектакль участвовал в одном из фестивалей "Балтийского дома"), потом в Омске — "От красной крысы до зеленой звезды". Слаповский — любимый драматург режиссера Пускепалиса.
У актера Пускепалиса свой любимый режиссер — Алексей Попогребский. Их знакомство состоялось на съемках фильма "Коктебель", в котором снимался сын Сергея Пускепалиса — Глеб, также ставший актером. Именно Попогребский пригласил Сергея на главные роли в фильмах "Простые вещи" и "Как я провел этим летом". Благодаря этим работам за Сергеем закрепилась слава глубокого, думающего актера, "не испорченного сериалами", что в конечном итоге привело его в сериал "Жизнь и судьба" Сергея Урсуляка.