По данным ОЭСР, даже на момент введения в РФ платежей за загрязнения базисные ставки были очень низкими по сравнению со ставками, действовавшими в странах Восточной и Центральной Европы. Попытки сделать экологические платежи компаний в РФ стимулирующими путем создания экологических фондов и системы зачетов платежей в обмен на инвестиции в очистные сооружения, исследования и образование привели к тому, что, например, в Ростовской области «зачеты» составили треть поступлений бюджета. Проблемой оказалось то, что они активно предоставлялись и компаниям, которые платежей не вносили.
В 2000 году собирать платежи стали налоговые органы, а фонды были закрыты. В 2001 году благодаря тому, что в Налоговом кодексе 1999 года платеж был признан налогом, который не мог устанавливаться постановлением правительства, Кольская горная компания добилась в Верховном суде отмены сборов. Вновь легитимными их признал Конституционный суд в марте 2002 года. Практика, когда платежи отменялись региональными властями, также была зафиксирована в РФ. Особенно это показательно в случае Норильска, где одним предприятием обеспечивается более 10% всего загрязнения атмосферы в РФ.
С тех пор экологические платежи в РФ выполняют исключительно фискальную, а не стимулирующую функцию. Их поступления (на сегодняшний день — 16–25 млрд руб. в год) разделены между федеральным (20%), региональными (40%) и местными (40%) бюджетами. Базой же для расчета экологических платежей компаний в РФ чаще всего являются данные о выбросах, представленные самим предприятием, и проверить их без инструментального контроля на уровне компании нельзя.