В первом квартале 2012 года пассажиропоток аэропорта Томск составил 87,6 тыс. человек, что на 14,4% больше в сравнении с аналогичным периодом 2011 года. В сообщении пресс-службы областной администрации говорится, что увеличение показателя обусловлено ценовой политикой авиакомпаний, выполняющих рейсы Томск – Москва: «Тарифы на авиаперелет в Москву из томского аэропорта и обратно были значительно ниже, в сравнении тарифами из аэропорта города Кемерово, и фактически сравнялись с тарифами из аэропорта Толмачево, что позволило предотвратить отток пассажиропотока из Томска». Кроме того, на рост пассажиропотока повлияло и открытие в декабре нового направления Томск – Иркутск.