Налоговые органы созданы в 1990 году, когда в составе Министерства финансов СССР образовалась Главная государственная налоговая инспекция. В 1991 году была образована самостоятельная структура — Государственная налоговая служба Российской Федерации. На тот момент взималось более 50 налогов (местных налогов насчитывалось около 25), отсутствовали единые подходы к их начислению и уплате, поправки в налоговое законодательство вносились часто и бессистемно, ставки налогов, льготы неоднократно менялись.
Принятие Налогового кодекса Российской Федерации, вступившего в силу в 1999-2001 годах, сформировало целостную налоговую систему. В кодексе впервые были законодательно оформлены процедуры налогового администрирования, определен закрытый перечень налогов, четко расписаны права, обязанности и ответственность как налогоплательщиков, так и налоговых органов. Были разработаны и внедрены методология проведения налоговых проверок, взыскания задолженности, электронный документооборот, созданы федеральная система регистрации, государственные реестры налогоплательщиков, юридических и физических лиц. Проделана работа по внедрению передовых информационных технологий, модернизации налоговых органов. Создана система информирования налогоплательщиков. Во всех инспекциях введены типовые организационные структуры, резко сокращен управленческий персонал и увеличен — инспекторский. Проведено укрупнение малочисленных налоговых инспекций, количество которых сократилось с 2583 до 1100.
В 1992 году налоговые поступления составляли 5 млрд деноминированных рублей, в 2011 году ФНС ожидает поступление порядка 10 трлн рублей.