21 июня 2005 года потерпели аварии запущенная из Плесецка ракета-носитель «Молния-М» с военным спутником связи «Молния-3К» и стартовавшая с борта атомной подлодки «Борисоглебск» ракета-носитель «Волна» со спутником «Космос-1», оснащенным «солнечным парусом».
8 октября 2005 года упал в Северный Ледовитый океан европейский спутник CryoSat, запущенный ракетой-носителем «Рокот».
28 февраля 2006 года из-за аварии разгонного блока «Бриз-М» ракете-носителю «Протон-М» не удалось доставить на заданную орбиту арабский спутник связи ArabSat 4A.
29 марта 2006 года отключился спутник связи «Экспресс-АМ11», поврежденный космическим мусором. Позже были потеряны два аналогичных аппарата: в апреле 2009 года — «Экспресс-АМ2», в апреле 2010 года — «Экспресс-АМ1».
6 сентября 2007 года из-за отказа рулевых машин второй ступени упал «Протон-М» с японским спутником связи JCSat 11.
15 марта 2008 года «Протон-М» не вывел на орбиту американский спутник связи AMC 14. Авария произошла из-за отказа двигателя разгонного блока «Бриз-М».
26 января 2009 года на коллегии Роскосмоса было объявлено о потере разведывательного спутника «Персона», с помощью которого военные могли впервые с 2001 года получить оперативные снимки Земли и на который, по некоторым данным, потратили около 5 млрд руб. Аппарат вышел на орбиту 26 июля 2008 года, но не заработал.
22 мая 2009 года спутник связи «Меридиан-2» выведен «Союзом-2.1a» на нерасчетную орбиту. Причиной стала преждевременная отсечка тяги двигателей третьей ступени.
В декабре 2009 года Россия потеряла единственный научный спутник — солнечную обсерваторию «Коронас-Фотон», запущенную в январе. Причиной провала проекта, на который, согласно сайту госзакупок, было выделено 173 млн руб., назвали переоценку ресурса аккумуляторов.
5 декабря 2010 года в результате перезаправки разгонного блока ракеты-носителя «Протон-М» три космических аппарата ГЛОНАСС-М не были выведены на расчетную орбиту и упали в Тихий океан. Ущерб составил около 2,5 млрд руб.
1 февраля 2011 года на ракете-носителе «Рокот» был неудачно запущен военный спутник «Гео-ИК-2». Из-за проблем с системой управления разгонного блока «Бриз-КМ» спутник оказался на нецелевой орбите. Пробыв в космосе около трех месяцев, он сгорел в атмосфере.
18 августа 2011 года ракета-носитель «Протон-М» с разгонным блоком «Бриз-М» вывела на нерасчетную орбиту новейший спутник связи «Экспресс-АМ4». Причиной неудачи названы неполадки в системе управления разгонного блока.
24 августа 2011 года аварией завершился запуск ракеты "Союз-У" с транспортным космическим кораблем "Прогресс-М-12-М": на 325-й секунде полета произошел сбой в работе двигателей третьей ступени, и эта ступень вместе с направлявшимся к МКС "грузовиком" упала в алтайскую тайгу.
9 ноября 2011 года запущенная к Марсу российская космическая станция "Фобос-Грунт" стоимостью более 5 млрд руб. не смогла выйти на нужую орбиту. Причина неполадок до сих пор неизвестна, связь со станцией установить не удалось.