В феврале 2001 года в США был раскрыт агент российской разведки сотрудник ФБР Роберт Ханссен. Выяснилось, что он шпионил в пользу СССР и России больше 15 лет и за это время передал 6 тыс. листов секретных материалов. Спустя месяц госдеп заявил о высылке 4 российских дипломатов и потребовал от Москвы до 1 июля отозвать еще 46 сотрудников дипмиссии, причастных к шпионской деятельности. После этого Россия объявила о высылке 50 сотрудников дипмиссии США, включая первого секретаря посольства Пола Холлингсуорта.
В марте 2001 года Болгария депортировала трех российских дипломатов по подозрению в шпионской деятельности. По версии обвинителей, для получения секретных сведений россияне завербовали архивиста аналитического отдела службы военной разведки Лилиану Гучеву и экс-начальника этого отдела Яни Янева. В ответ на это Россия выслала трех болгарских дипломатов.
В январе 2006 года ФСБ выявила четырех британских разведчиков, которые работали в Москве под дипломатическим прикрытием, и захватила «замаскированное под камень новейшее электронное шпионское устройство». Сообщалось, что ни одному из действующих лиц скандала не было предъявлено обвинений, а президент Владимир Путин по этому поводу заявил: «Пускай сидят здесь, занимают место в резидентуре. Нам будет приятнее осознавать, что люди находятся под нашим контролем».
В ноябре 2007 года российский МИД объявил о высылке трех сотрудников грузинской дипмиссии в Москве. Данный шаг последовал за высылкой из Грузии трех сотрудников дипломатического представительства России: чрезвычайного и полномочного посланника Ивана Волынкина, советника Петра Соломатина и третьего секретаря Александра Куренкова, которых Тбилиси обвинил в «подрывной и шпионской деятельности».
В июне 2008 года Россия выявила четырех сотрудников разведки Южной Кореи, работавших в посольстве этой страны в Москве. Выяснилось, что дипломаты занимались сбором секретных сведений, касающихся Северной Кореи. Ответных мер южнокорейской стороны на высылку шпионов не последовало.
В апреле 2009 года руководство НАТО заявило о высылке двух представителей российской миссии в связи с подозрением в шпионаже. Брюссель покинули старший советник, руководитель политической секции Виктор Кочуков и атташе постпредства, ответственный секретарь миссии Василий Чижов (сын постпреда РФ при ЕС Владимира Чижова). В ответ глава МИД РФ Сергей Лавров отказался от участия в заседании совета Россия—НАТО, а Москва отказала в аккредитации двум сотрудникам информбюро НАТО.
В августе 2010 года сотрудник службы внешней информации Румынии Габриэл Греку, работавший в национальном посольстве в должности первого секретаря политотдела, был задержан в Москве при попытке получения секретной информации военного характера. По данным ФСБ, у разведчика были изъяты «предметы шпионского снаряжения, полностью изобличающие его враждебную деятельность против России». В ответ из Бухареста был выслан первый секретарь посольства РФ Анатолий Акопов.