Программа «Чистая вода» является партийным проектом «Единой России», инициированным на съезде партии в декабре 2006 года. Главная цель — улучшение качества питьевой воды для населения. В апреле 2008 года проект получил статус госпрограммы, подготовкой которой под руководством вице-премьера Александра Жукова занялось Минэкономразвития. Курирует проект сопредседатель высшего совета «Единой России» Борис Грызлов. Основными задачами программы являются: модернизация систем водоснабжения, водоотведения и очистки, создание условий для привлечения частных инвестиций в сектор, стимулирование инновационных разработок. Реализация намечена на 2011-2017 годы. Среднегодовой объем необходимых средств оценивается в 20 млрд рублей. Для финансирования планируется привлечь средства инвестиционного фонда РФ.
Поиск новых методов очистки воды не обошелся без скандала. Во время подготовки госпрограммы Борис Грызлов неоднократно выступал за использование фильтров академика Виктора Петрика, которые он называл фильтрами «высочайшего качества». Однако, в апреле 2010 года было опубликовано заключение комиссии РАН, которая признала деятельность господина Петрика лежащей «не в сфере науки, а в сфере бизнеса». В октябре 2010 года ФАС запретила производителям этих фильтров размещать на своей продукции фамилию главы МЧС Сергея Шойгу, а Перовский суд Москвы преступил к рассмотрению иска Общества защиты прав потребителей о запрете их продажи.