В ноябре 2007 года, спустя месяц после начала работы следственного комитета, Генпрокуратура разработала законопроект, предусматривающий изъятие у СКП права расследования преступлений небольшой и средней тяжести. Однако это предложение не было поддержано руководством страны.
Уже в декабре 2007 года заместитель генпрокурора Виктор Гринь издал приказ о проведении проверки СКП. Александр Бастрыкин заявил, что проверка нацелена исключительно «на поиск компрометирующих фактов». Позже стороны не раз упрекали друг друга в снижении показателей работы. В частности, в марте 2010 года на коллегии Генпрокуратуры в присутствии президента Дмитрия Медведева господин Чайка не упустил возможности отметить, что из-за ошибок и бездействия следователей необоснованно приостанавливается расследование по значительному числу уголовных дел.
Конфликт также проявился в кадровой сфере. С декабря 2007 года руководители Генпрокуратуры дважды пытались уволить руководителя следственного управления по Москве Анатолия Багмета. Однако их решения оспаривались, и в итоге Юрий Чайка был вынужден признать, что сотрудников СКП может увольнять только Александр Бастрыкин. Господин Багмет был заменен только в августе 2010 года, получив повышение в структуре СКП.
Интересы двух структур неоднократно сталкивались при расследовании громких уголовных дел. В частности, Генпрокуратура безуспешно оспаривала арест сотрудника Госнаркоконтроля Александра Бульбова и отменила постановление следствия о возбуждении второго уголовного дела против замминистра финансов Сергея Сторчака. В мае 2008 года СКП освободил двух обвиняемых в соучастии в убийстве журналистки Анны Политковской. Решение было принято без уведомления Юрия Чайки, который лично курировал это дело. 12 мая господин Бастрыкин возобновил следствие по делу в отношении первого заместителя генпрокурора Александра Буксмана, которого в 2005-2006 годах обвиняли в превышении полномочий. Спустя месяц генпрокурор Юрий Чайка отменил распоряжение главы СКП.