Росприроднадзор стал соответчиком по иску экологов, оспаривающих заключение государственной экологической экспертизы по проекту «Сахалин-1», в рамках которого проходит разработка трех нефтяных месторождений на севере Сахалина.
Ряд экологических организаций подали в октябре 2008 г. заявление в Таганский суд Москвы с требованием отменить заключение экспертизы строительства в рамках проекта «Сахалин-1» трубопровода через Пильтунскую лагуну на северо-востоке Сахалина. Основным ответчиком по иску тогда выступал Ростехнадзор. В сообщении Всемирного фонда дикой природы (WWF), поступившем в РИА «Новости» 11 февраля, говорится: «10 февраля суд удовлетворил ходатайство Ростехнадзора и постановил привлечь Росприродназдор в качестве еще одного ответчика по делу об оспаривании заключения государственной экологической экспертизы по проекту "Сахалин-1". Суд отложил слушание по делу на 5 марта 2009 г.»
По мнению экологов WWF, при проведении государственной экологической экспертизы по проекту «Сахалин-1» не был соблюден ряд требований законодательства об экологической экспертизе, оценке воздействия на окружающую среду и защите традиционного образа жизни коренных малочисленных народов. В результате были нарушены права граждан на благоприятную окружающую среду и права коренных малочисленных народов. Экологи также указывают на отсутствие в заключении государственной экологической экспертизы оценки роли залива Пильтун в формировании кормовой базы охотско-корейской популяции серых китов и необходимых мер по их защите при реализации проекта.